Nascido no seio de uma família humilde, era filho de João Cândido Xavier, um modesto vendedor de bilhetes de loteria , e de Maria João de Deus, uma dona de casa católica e piedosa. Segundo biógrafos, a mediunidade de Chico teria se manifestado pela primeira vez aos quatro anos de idade, quando ele respondeu ao pai sobre Ciências, durante conversa com uma senhora sobre gravidez . Ele dizia ver e ouvir os espíritos e conversava com eles.